一种用于多核酸变异定量分析的单端靶向单端随机分子标签法及其应用
知识产权简介
本发明公开一种用于多核酸变异定量分析的单端靶向单端随机分子标签法及其应用，本发明利用特殊设计的随机引物，结合靶向巢式 PCR，同时实现多核酸变异的捕获与高特异性扩增。此方法适用于肿瘤等疾病中多核酸变异的高通量筛查和动态监测，为标志物开发和药效评价提供可靠技术支撑。
转化前景
本专利对应产品及技术优势： 与现有技术相比，根据本发明提供的一种用于多核酸变异定量分析的单端靶向单端随机分子标签法具有以下有益效果： 1）与WGS、RNA-seq等方法相比，本方法针对靶标基因进行融合基因检测，其测序深度更高、灵敏度更高，且因只扩增目标区域的设计使得其成本更低； 2）与PCR技术相比，本方法基于随机引物技术，随机引物可与基因组的所有序列进行无偏倚的结合，因此可以实现未知融合伴侣的融合事件检测，其可检测的范围更大，且能检测到未知序列的融合基因； 3）与Archer FUSIONPlex系列产品、QIAGEN QIAseq RNA Fusion XP系列产品相比，本方法将接头、UMI设计与随机引物连接，其扩增过程代替了普通测序方法中加接头的步骤，随机引物加接头的方式连接效率更高； 4）与NuProbe专利相关产品相比，本方法将添加接头的步骤设计至RNA反转录过程，其优于在cDNA或DNA层面加入接头，保留了RNA分子的原始定量信息，且减少实验流程步骤，降低多余实验过程引入的实验偏差。 本专利性能指标： 1）本专利发明的随机引物反转录效率更高，反转录得到的cDNA量为普通随机引物反转录cDNA量的两倍； 2）在二代测序建库实验中，普通随机引物读段差值的均值为0.998，而本专利发明的靶向引物与随机引物建库差值的均值为0.936，本专利发明的方法均一性更好； 3）在定量方面，在融合基因FGFR2-COL14A1中，其理论分子数为93.3，而其使用本发明方法检测的实际分子数均数为11.3，其差值在10倍以内。此外，在融合基因TPM3-NTRK1中，其理论分子数为2.3，而其使用本发明方法检测的实际分子数均数为4.7，其差值为2倍，本发明可以实现分子层面的精准定量。 产业化应用前景： 本专利发明了一种用于多核酸变异定量分析的单端靶向单端随机分子标签法，利用特殊设计的随机引物，结合靶向巢式 PCR，同时实现多核酸变异的捕获与高特异性扩增。此方法适用于肿瘤等疾病中多核酸变异的高通量筛查和动态监测，为标志物开发和药效评价提供可靠技术支撑，具有较大的产业化应用前景。